創新意識和創造性思維不足。我國研究生缺少主動追求創新、推崇創新、樂于創新的意識。同時，創造性思維也存在不足。我國研究生對相關知識和信息進行批判、綜合、組合，并形成新的思維、新的觀點、新的理論的能力較弱，發散、直覺、歸納、形象與抽象等思維能力較弱。
研究能力不足。目前培養的研究生有較強的記憶力，但缺乏敏銳的感知力和想象力。發現新問題、提出新方法、建立新理論、發明新技術的能力也存在不足。
在研究的選擇上，理論深度不夠，自主探索不夠。學術創新主要是在自然科學理論和人文科學理論上取得突破。然而，從近些年我國研究生的論文來看，對國民經濟或工業發展有重要推動作用的實用型和跟蹤型的研究較多，而從實際需求出發并將問題一般化而進行的有深度的系統的理論研究較弱，因而難以在學術理論上取得創新。
同時，我國研究生自由探索課題少，圍繞導師課題的研究多。創新在很大程度上是自主探索的過程，而選題體現了自主探索，是創新的首要環節，換而言之，研究生創新能力的首要便是選題能力。學生在選題上思考不夠，甚至無需思考，這在無形中減少了對選題能力的培養，進而造成學生在選題上的創新短板。
借用現成方法和手段多，自主探索研究方法和研究工具少。方法和工具的開發是創新的重要方面，現有研究手段的缺乏恰恰提供了創新的機遇。研究手段與方法的創新，常常決定了研究的創新水平，目前的問題在于我國研究生主要的研究手段和方法都較為陳舊，且基本上是國外開發的，很少有自己創新的手段、方法甚至儀器、設備。
過分量化的評價機制在一定程度上限制了創新。過分量化的評價機制對創新的限制體現在兩個主要方面。一是忽視了創新所需的積累過程，二是降低了創新的積極性和動力。創新是以學術積累為基礎的，各學科的研究，特別是人文社科類的研究需要長期積累才能形成優秀的創新性研究成果。用一段時期的論文發表數量來對研究生學術研究水平進行定性評價，這種“工具理性”的量化管理機制往往會形成片面追求數量的導向性行動指南，使得研究生忽略了學術積累的重要性，繼而降低了學生的創新能力。
創新是艱苦而長期的過程，而研究生的學制并不長，如果過分量化的評價機制與畢業、評優等培養管理行為相結合，就會導致學生不愿意將過多的精力放在創新上，轉而選擇那些容易出成果的研究，這不利于創新能力的培養。同時，統一的研究生管理和評價機制，也無法充分照顧與尊重學科、學生的個性，繼而可能抹殺他們的創造性。
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