農村稅費改革的根本目標是規范農村稅費制度，減輕農民負擔。從改革的試點來看，這一目標已基本達到。但隨著改革的推進，更深層次的問題逐漸凸現并日益激化。這集中體現在農村稅費改革為農民減負與由此所造成的基層財政困窘、農村基礎教育經費嚴重短缺的矛盾之中。長期以來農村教育在我國整個國民教育體系中處于最薄弱的環節，特別是農村稅費改革涉及到教育方面的“兩個取消”，即取消農村教育集資和取消農村教育費附加。取消后，使目前本已嚴重不足的教育經費更加短缺，給農村基礎教育的發展和農村學校的正常運轉帶來重重困難。
但是農村稅費改革并非導致農村基礎教育經費短缺的根本所在，相反，稅費改革如同一支催化劑，使多年的沉病暴發。要走出農村基礎教育發展的困境，就必須把農村稅費改革與促進農村義務教育健康發展結合起來，推進農村基礎教育公共財政支出改革，優化資源配置，提高農村基礎教育財政支出的使用效益，確保當地農村義務教育投人。
建立與財稅體制相適應的各級財政合理負擔的農村基礎教育經費投入機制。新的農村基礎教育經費的投人機制是以為主體，地方、學校為必要補充的投資機制。其主要依據是基礎教育的性質和我國現行的分稅制財政體制。義務教育是的公共基礎設施，其收益率遠遠大于個人收益率，應當成為義務教育經費投人的主體。特別是實行所得稅分享制度后，可支配財力大大增加，也具備了承擔義務教育經費投人主體的能力。全國60一70%的稅收進入國庫，屬于地方的稅收只有30一40%，而地方和中央的日常行政開支與中央和地方所占的稅收比率剛好相反。現在就有必要根據各級占有財政收人的份額來分擔義務教育經費投人的比例。通過立法，將基礎教育教師全部納人公務員系列，其工資一律由中央或省支付。這不僅有利于提高教師的社會地位，保證每位教師在工資、工作、生活、醫療和退休等方面的合法待遇，而且有利于教師隊伍的穩定和質量的提高，有利于中央對教師的統一管理和考核。教師是實施義務教育的主力軍，解決好主力軍的各種問題，就為義務教育的普及奠定了一個堅實穩定的基礎。
適當增加非義務教育階段的學費在培養成本中的比例。以現有財政收人為基點，形成更高程度的用于義務教育的資金轉移份額，建立保障各級部門籌集所需資金的新型機制，扭轉農民出資主要為城市培養人才、撥款實際為外國選拔“精英”的窘境。增大均等化的一般性財政轉移支付，建立以縱向轉移支付為主，縱橫交錯的轉移支付制度，實現教育水平均等化。根據轉移支付的公平一與效率兼顧的原則，從制度層面上，設計出一種計算各地應有的財政收人和合理的基礎教育支出水平的辦法并使其公式化，規定基礎教育資金由發達地區向貧困地區轉移的額度，通過橫向轉移來實現基礎教育水平的均等化。加大向落后農村地區的基礎教育資金轉移支付力度，建立規范的義務教育財政專項轉移支付制度。設立目標專款，應包括兩部分:一部分用于低于基礎教育最低的財政標準的級貧困縣和省級貧困縣。對超出貧困縣財政能力的基礎教育事業費，貧困縣由中央設立的目標專款保證;省級貧困縣由省級設立的目標專款保證。另一部分用于設立對農村貧困學生的直接資助基金。此專項基金是為保證貧困學生獲得充足的經費資助，使適齡兒童能接受基礎教育而不因貧困失學或輟學，以促進農村基礎教育水平的提高。
提高農村基礎教育財政支出使用效益和加強農村基礎教育財政資金管理，繼續完善“一費制”，并列人預算安排，統一編制、統一管理。地方要加強對教育資金使用的管理和監督，控制支出的方向，優化支出結構，加強運行監管。完善上級財政部門對下級的財政監督機制，建立一整套農村基礎教育資金支出效益的考核指標，逐步實現財政從供給型向效益型轉變;在一定時期和條件下，控制支出總量，避免因財力拮據而使財政管理和監督流于形式;將財政監督置于法制化建設中，使財政監督變為一種以法制為基礎的有效監督。進一步深化農村學校內部財務管理改革，壓縮人員經費支出，提高公用經費的比重，以優化農村基礎教育事業費的支出結構。整編教師隊伍，精簡非教學人員，確保人員經費支出的效益。建立嚴格合理的教師分配、調動和流動制度，解決當前鄉鎮教師普遍超編，而邊遠地區農村教師嚴重不足且不能有效調節而造成的教師資源配置不當問題。合理調整農村中小學的布局。逐步改變辦學規模小、布點分散的現狀，實現學校設置的規范化，以便最大限度地實現投資效益。
基礎教育屬于公共產品范疇，應當全部承擔辦學經費。但是為了基礎教育的更快發展，也不應當排除社會資金的進人。鑒于我國“窮國辦大教育”的現實，吸引社會資金進人農村教育意義重大。建議:二是建立教育政策性銀行，通過貸款、投資、擔保、補貼、貼現等資金運用方式來保障教育金融業務的順利開展;立是發行教育，廣泛吸收社會資金，將所籌得的資金切塊定向用于農村教育;三是以投人為基礎，建立全國性教育發展基金;四是運用產業政策優惠、稅收減免等手段，鼓勵社會捐資農村教育引導和規范各種捐資助學行為。應加大捐資助學活動的宣傳，引導社會集體、個人的捐資助學。對于個人捐資助學，可考慮根據捐資金額的多少免征或減征個人所得稅;對企業則視情況免征或減征一定時期內的增值稅、所得稅等，以此來擴大人們對教育的支持。同時，通過建立教育基金會統一管理境內個人對教育的捐贈等;五是設立教育稅用于農村義務教育發展。部門可考慮開征教育稅，取代各種收費，將中外企業都納人征稅范圍，從而拓寬稅基，穩定稅源，使財政的教育支出具有更加可靠的收人來源。
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