無論是引文文獻還是閱讀型文獻，凡是在論著的參考文獻表中著錄的，應將文獻序號標注在正文中的引用處。按標準給出的示例，可歸納出文獻序號的以下幾種標注方法。
1、正文中文獻序號標注方法
（1）置于主要責任者姓名的上角標處。主要責任者超過 1人時，標注第一作者的姓名或姓，后加“等” .
例如：裴偉[1]提出……
Baldock 等[5-6]認為……
（2）引用以引號括起的一段完整的文字時，置于引號的上角標處。
例如：“自然科學學術期刊必須堅持以馬列主義、毛澤東思想為指導，貫徹為國民經濟發展服務，理論與實踐相結合，普及與提高相結合‘百花齊放，百家爭鳴’的方針。 ”[4]
（3）置于點號前引用信息的上角標處。
例如：……《中國青年》雜志創辦人追求的高格調---理性的成熟與熱點的凝聚[3].
（4）在有些特殊情況下，序號也可以作為行文語句的組成部分。
例如：……按文獻[11]提供的參數設計出樣機。
（5）序號位置宜與引用信息緊密相連。
例如：……德國學者 N.克羅斯研究了瑞士巴塞爾市附近侏羅山中老第三紀斷裂對第三系褶皺的控制[235];之后，他又描述了西里西亞第 3條大型的近南北向構造帶，并提出地槽是在不均一的塊體的基底上發展的思想[236].
2、正文參考文獻標注常見問題
上文對參考文獻在文中標注的方法作了歸納總結，但日常操作常出現一些問題，本文按照“順序編碼制”標注體系要求對此作進一步分析。
（1）正文中未標注引用文獻。只在文后著錄參考文獻表，而在正文中未作明確標注的現象過去普遍存在。目前隨著對參考文獻著錄規范要求日趨嚴格，這種現象已大大減少，但筆者在閱讀科技期刊（包括核心期刊）時發現其中仍有某些論文（以綜述性論文居多）未在正文中標注參考文獻，或只在語句表述時提到某參考文獻的序號，而未對所有引文按“順序編碼制”標注。由于參考文獻未在正文中按“順序編碼制”一一對應標注，無法分清正文中哪些內容是作者自己的創作，哪些是引用參考文獻的內容，不能體現科學研究的創新性和繼承性，難以界定知識產權，也很容易造成抄襲剽竊的嫌疑。因此，無論是直接引用原文還是轉述原文內容要意，都必須嚴格按“順序編碼制”要求，在正文中準確標注引用部分。
（2）參考文獻標注不夠具體。這種現象是指，雖然在正文中采用順序編碼制標注了參考文獻序號，但同一處過多地標注多篇（甚至全部參考文獻都在同一處標注），而在語句表述中又未對這些文獻的內容要意作必要的具體說明，如“半個多世紀以來，國內外學者對土的滲透穩定性進行了廣泛研究，提出了多種分析計算方法[1-7]”（為避免例子中引文標注與本文的引文標注混淆，例子用楷體字且標注序號用黑體字）。雖然這種標注在格式上是規范的，但在具體采用時要注意：由于各篇參考文獻即使論題相同或接近，但其具體內容、觀點或側重點不同，籠統地在同一處過多地標注多篇參考文獻，不利于體現引文內容和具體作用，甚至有堆砌參考文獻之嫌。因此，集中標注不宜過多，或者在敘述時應分別予以簡要說明。
（3）層次標題中標注參考文獻。少數期刊論文中參考文獻序號標注在層次標題中，甚至標注在一級層次標題上，如“2混合優化策略[4-6]”、“2土骨架的結構性[3-5]”.這意味著本章內容均是引用了該參考文獻內容，從“合理引用”角度看是不妥的：一方面“合理引用”規定引文內容應有相對本文內容篇幅的引用量限制，成章節地大量引用甚至構成了本文實質內容，則有超出合理引用范圍之嫌；另一方面，在標題上標注引文也無法區分本章節究竟哪些內容是引用的，哪些內容是作者創作的，還是僅僅幾個標題字是引用的。因此，應避免在論文的層次（章節）標題標注引用文獻，而應在章節的行文中具體標注引用內容。
（4）多處引用同一論著不同部分未標注頁碼。在論文中闡述不同問題或內容時可能要多次引用同一文獻中的不同部分，這時如果不標注各個引用部分所在頁碼就不利于表明引用的具體位置及其內容，尤其是對篇幅很長的圖書專著、工具書（如《辭海》、《大百科全書》之類），就極不利于編輯、審稿人核對引文或讀者參閱。因此，應按照GB/T 7714- 2005的規定，當多次引用同一著者的同一文獻時，在正文中標注首次引用的文獻序號，并在序號的“[]”外著錄引文部分所在頁碼。
（5）標注位置不適當。正文中對引文的標注要放在恰當的位置，即標注在能完整表明具體引用內容的位置上，但許多引文未注意這一細節。如“彈性變形和磁場間相互作用研究較早可追溯到Brown[3]的非線性磁彈性理論，1973年Pao等[4]將其線性化，并用來解決磁彈性板的屈曲問題”,宜修改為“彈性變形和磁場間相互作用研究較早可追溯到Brown的非線性磁彈性理論[3],1973年Pao等將其線性化，并用來解決磁彈性板的屈曲問題[4]”.
